染色體免疫共沉淀（ Chromatin   Immunoprecipitation ， ChIP ）是基于體內分析發展起來的方法，也稱結合位點分析法，它能真實、完整地反映結合在DNA序列上的調控蛋白，是目前確定與特定蛋白結合的基因組區域或確定與特定基因組區域結合的蛋白質的好方法，這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。ChIP技術和芯片技術的結合有利于確定全基因組范圍內染色體蛋白的分布模式以及組蛋白修飾情況。該技術主要應用于：1.組蛋白修飾研究 2.轉錄調控分析 3.藥物開發研究 4.有絲分裂研究 5.DNA損失與凋亡分析。

真核生物的基因組DNA以染色質的形式存在。因此，研究蛋白質與DNA在染色質環境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質免疫沉淀技術（  chromatin         immunoprecipitation              assay        ，    ChIP  ） 是目前唯一研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。ChIP與其他方法的結合，擴大了其應用范圍：ChIP與基因芯片相結合建立的ChIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段；RNA-ChIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。由此可見，隨著ChIP的進一步完善，它必將會在基因表達調控研究中發揮越來越重要的作用。 

      ChIP的一般流程： 

甲醛處理細胞---收集細胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合---加入ProteinA/G，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，并沉淀---對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物---解交聯，純化富集的DNA-片斷---PCR分析或基因測序等。

ChIP技術的作用原理圖：  

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本文部分摘自百度文庫